Cikal bakal berdirinya Yayasan Al-Furqon tidak dapat dipisahkan dari pengalaman spiritual dan intelektual mendalam yang dirasakan para pendirinya selama menempuh studi di kota suci Madinah. Ketika bermukim di pusat keilmuan Islam tersebut, mereka tidak hanya menyerap ilmu langsung dari para ulama terkemuka, tetapi juga menyaksikan secara langsung denyut nadi sistem pendidikan Islam yang murni, komprehensif, dan berlandaskan Al-Quran serta Sunnah. Pengalaman ini menempa idealisme mereka, namun sekaligus menumbuhkan benih keprihatinan atau keresahan yang mendalam ketika membandingkan kondisi ideal tersebut dengan realitas pendidikan Islam di tanah air.
Keresahan itu berakar dari pengamatan akan adanya kesenjangan antara metodologi pengajaran yang mereka terima di Madinah dengan apa yang banyak diterapkan di tempat asal mereka. Para pendiri merasakan adanya kebutuhan mendesak untuk menghadirkan sebuah lembaga pendidikan yang tidak hanya fokus pada transfer ilmu, tetapi juga pada pembentukan karakter (akhlak) dan kemurnian pemahaman (akidah) sesuai dengan apa yang telah mereka pelajari. Mereka prihatin melihat minimnya institusi yang secara konsisten mampu mengintegrasikan ilmu agama yang otentik dengan ilmu pengetahuan umum dalam sebuah kurikulum yang kokoh.